1957年3月，召开县工商联第一届会员代表大会，建立县工商业联合会。历时三届，至“文化大革命”开始，由于县工商联的办公用房被侵占，工商联被迫停止工作。1985年10月15日，经省政府批准，县政府发出《关于恢复海门县工商业联合会的通知》，1986年8月15日—16日，县工商联第四届会员代表大会召开，县工商联停顿了近20年后正式恢复。参加的会员除老会员（原工商业者）外，还吸收了部分国营和集体企业。

1990年12月11日至12日，工商联第五届会员代表大会召开。会后，吸收了12家个体私营企业加入工商联组织，成为新时期第一批非公有制企业会员。1993年3月30日至31日，县工商联第六届会员代表大会召开，会上第一次产生了1名私营企业主为工商联副主任会员。为便于加强与海外“三胞”和国外工商社团的联系，1993年3月20日县工商业联合会增挂“海门县商会”牌子。

1997年3月、2001年11月，县工商联又分别召开第七届、第八届会员代表大会，非公有制企业的副主任委员增加到5名。非公有制代表人士成为工商联组织的主力军。

随着改革开放的不断深入，非公有制经济不断发展，同行业之间的联系和协调又显得越来越重要。2000年9月18日，海门市照相业商会召开会员大会，成立了新时期第一个同业商会，共商照相业的发展。为加强与异地海门籍工商户的联系，2002年4月22日在云南建立了昆明海门商会。为适应市场经济发展和政府职能转变的形势需要，2004年11月，市委下发了《关于加强同业商会建设的意见》的文件，有力推动了同业商会的组建步伐，2004年至2005年又有14个行业，相继成立了同业商会。2006年3月26日在新疆建立了乌鲁木齐市工商联海门商会，这是海门籍在外企业成立的第二个异地商会。截止2010年5月已成立23个行业商会（其中包括两个异地商会），市工商联作为全市同业商会的业务主管部门，切实加强对同业商会的工作指导，制订规章制度，定期组织活动，促进了商会活动的正常化和规范化，同业商会在整合行业资源、加强行业自律、维护行业秩序方面发挥了重大作用。同时，通过构筑政企沟通平台，加强与政府职能部门的交流协商，促进政企和谐，创造了经济发展的良好环境。