1986年6月29日，召开海门县基督教活动点管理小组成员扩大会议，正式成立“海门县基督教三自爱国会筹备组”，经过充分协商，选举产生筹备组领导成员，由谢祖康任组长，陈裕丰为副组长。1999年12月18日，召开“海门县基督教第一届代表会议，出席代表44名。听取市基督教三自爱国会筹备组的工作报告，审议通过《海门县基督教三自爱国会章程》，正式成立“海门县基督教三自爱国会”，选举产生首届领导班子成员。该会的宗旨是：坚持自治、自养、自传，独立自主自办教会的原则，带领全市基督徒爱国爱教、荣神益人；遵守宪法、法律、法规和国家政策，弘扬高尚的道德风尚；增强教内外团结，为办好中国教会提供服务，引导全市基督徒为构建社会主义和谐社会发挥积极作用，使中国基督教与社会主义社会相适应。

现任海门市基督教三自爱国会主席林亚玉牧师（女）。